Động vật của Thảo Cầm Viên Sài Gòn hiện được phân loại theo hệ thống phân loại khoa học (Linnaeus), đây là hệ thống được dùng phổ biến:
- Giới (Kingdom) 
- Ngành (Phylum) 
- Lớp (Class) 
- Bộ (Order) 
- Họ (Family) 
- Chi (Genus) 
- Loài (Species).

Tên khoa học: Hippopotamus amphibius Linnaeus, 1758

Tên tiếng Anh: Hippopotamus
Tên tiếng Việt: Hà mã, Hà mã lớn

Tên khoa học: Pygathrix nigripes
Tên tiếng Anh: Black shanked Douc Langur

Tên tiếng Việt: Chà vá chân đen, voọc vá chân đen

Tên khoa học: Ceratotherium simum Burchell, 1817

Tên tiếng Anh: White Rhinoceros
Tên tiếng Việt: Tê giác trắng

Tên khoa học: Nomascus gabriellae

Tên tiếng Anh: Yellow-cheeked gibbon

Tên tiếng Việt: vượn má vàng, vượn đen má vàng, vượn đen má hung...

Tên khoa học: Elephas maximus Linnaeus, 1758
Tên tiếng Anh: Asian Elephant

Tên tiếng Việt: Voi châu Á, Bồ tượng....

Tên khoa học: Rheinardia ocellata ocellata

Tên tiếng Anh: Annamite Crested Argus

Tên tiếng Việt: Trĩ sao Việt Nam

Tên khoa học: Axis porcinus Zimmermann, 1777
Tên tiếng Anh: Hog Deer
Tên tiếng Việt: Hươu vàng, hươu lợn

Tên khoa học: Catopuma temminckii

Tên tiếng Anh: Asian Golden Cat

Tên tiếng Việt: Báo lửa, beo lửa, beo vàng châu Á...

Tên khoa học: Rhyticeros undulatus
Tên tiếng Anh: Wreathed hornbill

Tên tiếng Việt: Niệc mỏ vằn

1. Phân loại học

- Giới: Animalia (Động vật)

- Ngành: Chordata (Động vật có dây sống)

- Lớp: Aves (Chim)

- Bộ: Bucerotiformes (Hồng hoàng)

- Họ: Bucerotidae (Hồng hoàng)

- Chi: Rhyticeros

- Loài: Rhyticeros undulatus

Tên khoa học: Anthracoceros alvirostris
Tên tiếng Anh: Oriental pied hornbill

Tên tiếng Việt: Cao cát bụng trắng

1. Phân loại học

- Giới: Animalia (Động vật)

- Ngành: Chordata (Động vật có dây sống)

- Lớp: Aves (Chim)

- Bộ: Bucerotiformes (Hồng hoàng)

- Họ: Bucerotidae (Hồng hoàng)

- Chi: Anthracoceros

- Loài: Anthracoceros albirostris

Tên khoa học: Pelecanus philippensis
Tên tiếng Anh: Spot billed pelican

Tên tiếng Việt: Bồ nông chân xám

1. Phân loại học

- Giới: Animalia (Động vật)

- Ngành: Chordata (Động vật có dây sống)

- Lớp: Aves (Chim)

- Bộ: Pelecaniformes (Bồ nông)

- Họ: Pelecanidae (Bồ nông)

- Chi: Pelecanus

- Loài: Pelecanus philippensis

Tên khoa học: Panthera pardus

Tên tiếng Anh: Leopard

Tên tiếng việt: Báo hoa mai

Phân loại

• Giới: Animalia – Động vật
• Ngành: Chordata – Động vật có dây sống
• Lớp: Mammalia – Thú
• Bộ: Carnivora – Ăn thịt
• Họ: Felidae – Mèo
• Chi: Panthera
• Loài: Panthera pardus

Tên khoa học: Neofelis nebulosa

Tên tiếng Anh: Clouded leopard

Tên tiếng việt: Báo gấm

Phân loại

• Giới: Animalia – Động vật
• Ngành: Chordata – Động vật có dây sống
• Lớp: Mammalia – Thú
• Bộ: Carnivora – Ăn thịt
• Họ: Felidae – Mèo
• Chi: Neofelis
• Loài: Neofelis nebulosa

Tên khoa học: Cacatua alba

Tên tiếng Anh: White cockatoo

Tên tiếng Việt: Vẹt trắng mào trắng, Vẹt mào trắng, Vẹt dù